梁启超说：“大抵清代经学之祖推炎武，其史学之祖当推宗羲。”梨洲对史学抱头等的重视，“拘执经术，不适于用，欲免迂儒，必兼读史”，认为史的意义不在经之下，可补经的不足，尤其是使人不迂腐。当然，中国人对史的重视，由来很久，梨洲的看法也不甚新鲜。不过，很多人所谓重视历史，是沉湎旧史，“自将磨洗认前朝”，所谓鉴古知今，从旧史中讨生活。但梨洲不同，梨洲的史学直指当下，肆力于当代史建设，断非寻章摘句老雕虫。这是他一项了不起的贡献，乃至某种意义上，他与新朝官员有所来往、对新朝一些举措有所回应，实与他积极建设当代史的抱负有关。
康熙十七年诏征“博学鸿儒”，梨洲百般推辞。翌年开明史馆，总裁徐元文举梨洲参与修史，梨洲自己虽通过地方官“代以老病疏辞”，却赞成弟子万斯同参与，又让儿子黄百家代己前去，对徐元文说：“今吾遣子从公，可以置我矣。”两件事本身有区别，“博学鸿儒”属于接受清廷职务，而修明史虽是清廷官方行为，事情本身却仅关著述，可以个人身份预其间。万斯同开出的条件便是，“给他官，他不要，请以布衣参史事，不署衔，不受俸。”黄百家当亦如此。除了这点差别，更主要的还是梨洲对当代史的修撰很看重、很迫切，觉得责无旁贷，必须参与、厕身。他可不是那种置现实于不顾、徒标气节、独善其身、把爱惜羽毛放在第一位的遗世之士。他推崇史学的价值，首先是使人“免迂腐”。像修史这么紧要的事，以个人品节为重置身其外，就是迂腐，甚而对历史放弃责任。所以他态度非常积极，说白了，修撰当代史不能缺席，必须有“自己人”参加。他多方考虑，觉得自己回避，而由儿子和弟子参与，具有合适的分寸，是两全之策。
万斯同动身之际，梨洲专门写诗三首，给以嘱咐：
史局新开上苑中，一时名士走空同。是非难下神宗后,底本谁搜烈庙终。此世文章推婺女，（明初修《元史》，以宋景濂、王子充为总裁，皆金华人。今以徐立斋、叶讱菴为监修总裁，皆昆山人，故以为比。）定知忠义及韩通。凭君寄语书成日,纠谬须防在下风。
管村彩笔挂睛霓，季野观书决海堤。卅载绳床穿皂帽，一篷长水泊蓝溪。（余所居地。）猗兰幽谷真难闭，人物京师谁与齐。不放河汾声价倒，太平有策莫轻题！
堂堂载笔尽能人，物色何缘到负薪。且莫一诗比老妇，（杨铁崖有《老妇行》，上太祖。）应怜九袠有萱亲。重阳君渡卢沟水，双瀑吾被折角巾。莫道等闲今夜月，他年共忆此良辰。
第一首强调高度重视修明史的工作，尤其是万历至崇祯这一段“当代史”，以此对万斯同寄予厚望，甚至是托付；“纠谬须防在下风”，要他很好地把握这段历史，和各种谬误、不实做斗争，争取写出一部信史。第二首告诫弟子，在编撰工作中大胆发挥和释放才学，有充分自信，敢与任何别的作者较其短长——但是仅此而已，不参与当下政治、绝不为当朝出谋划策。第三首讲了两方面的意思，一是史馆罗致一时之士，作为山野布衣能厕身其中，机遇难得，值得珍惜；然而其次，勿因而生出“非分”之想，以致出离参预其事的本意。他用了杨维桢（号铁崖）的典故。杨由元入明，朱元璋召其修礼乐书，初不应，赋《老客妇谣》，“岂有老妇将就木而再理嫁者耶”，后无奈至南京，百有一十日，俟所修书叙例略定，即乞归家。梨洲要万斯同以杨维桢为榜样，事毕即还，勿陷染朝中。“应怜九袠有萱亲”，是说时刻想着家中还有老母。“重阳君渡卢沟水，双瀑吾被折角巾”，则说你重阳节过卢沟桥抵达北京时，要记得故乡还有一个戴折角巾的老师。双瀑即梨洲化安山书屋双瀑堂；折角巾乃从前汉族布衣文人服饰，清人因辫发不用能，梨洲此时亦然，所谓“吾被折角巾”借指内心。
假此三诗，我们于梨洲对子弟参与清修明史之事，为何支持，以及要求他们怎样做的态度，可谓了解得一清二楚。康熙二十八年（1689），万斯同再度去北京，梨洲又以诗相送，句云：“四方声价归明水，一代贤奸托布衣”。康熙三十一年（1692），复寄诗至北京，就修明史事谆谆教导万斯同：“一部十七史，迁固与宋祁。但取征存亡，不贵修文辞。”“史臣职褒贬，权与宰相夷。”“布衣入史馆，明初则有之。子今踵盛事，莫负此良时。”“不肯媚巨子，何况随纤儿！”都是讲历史叙述极其重要，治史责任之重大不亚于宰相治理当世，一定要积极参与，兢兢业业对待，使正确的历史认知得存其中。他显然是抱了对历史的高度责任感面对此事，否则把个人名节放在第一位，置之不理，那才愧对历史。
除让子弟赴明史馆，他自己也以各种方式支持明史编撰，努力施加影响。“先公《大事记》，神庙逮光熹。余有《三史钞》，《实录》及家稗。倾筐授万子，庶为底本资。”他把父亲生前所写万历至天启年间《大事记》，自己所藏《明实录》及多种野史，悉数送给万斯同，作为修明史的资料。在当代史方面，他过去多年中早已下了很大功夫，编有《明史案》二百一十四卷，写有各种回忆录、亲历记、论传、墓表，这些工作闻名在外，故有旨：“凡黄宗羲有所论著及所见闻，有资《明史》者，着该地方官钞录来京，宣付史馆。”郡中奉旨来求，梨洲欣然出其著录，据说郡中为此组织了几十人，“缮写进呈”，可见梨洲对《明史》编撰在资料方面贡献颇巨。对《明史》的编写体例，他亦有贡献，如“儒林传”之外不再单立“理学传”。其他作用，略如梁启超所说：“他虽不应明史馆之聘，然馆员都是他的后学，每有疑难问题，都咨询他取决。《历志》则求他审正后才算定稿，《地理志》则大半采用他所著《今水经》原文，其余史料经他鉴别的甚多。”
我国历代官史中，《明史》颇以高水准有美誉。梁启超说：“现行《明史》，在二十四史中——除马、班、范、陈四书外，最为精善，殆成学界公论了。”如今《明史》署名“张廷玉等撰”，是因张廷玉乃最后一任修书总裁。实际上，《明史》稿本主体，乃是王鸿绪《明史稿》。王在康熙、雍正年间，曾三度任《明史》总裁。但他这部《明史稿》，却可谓史上最大一桩剽窃事件，剽窃对象就是万斯同。这段故事，我们借梁启超的撮述略窥一斑：
钱竹汀钱大昕说：“乾隆初，大学士张公廷玉等奉诏刊定《明史》，以王公鸿绪《史稿》为本而增损之。王氏稿大半出先生手。”《潜研尝集·万季野传》盖实录也。乾隆四年张廷玉进《明史表》云：“惟旧臣王鸿绪之《史稿》，经名人三十载之用心……”名人即指季野，不便质言耳。关于这件事，我们不能不替万季野不平，而且还替学界痛惜。……季野费十几年工夫，才把五百卷的《明史稿》著成。季野卒于京师，旁无亲属，所藏书籍数十万卷，都被钱名世其人者全数乾没去，《明史稿》原本，便落在王鸿绪手。……他得着这部书，便攘为己有，叫人誊抄一份，每卷都题“王鸿绪著”，而且板心都印有“横云山人集”字样，拿去进呈，自此万稿便成王稿了。
简而言之，高质量的《明史》，真正作者是万斯同，或主要是他的杰作。按照“学界公论”，《明史》在二十五史中水准仅次于《史记》、前后《汉书》和《三国志》，因而可以说，万斯同也是我国能与司马迁、班固、范晔、陈寿比肩的杰出史家，可是就因为这样一次剽窃事件，他不但失去了自己的成果，于今在一般读者中也默默无闻。
全祖望《万贞文先生传》载：“诸纂修官以稿至，皆送先生复审，先生阅毕，谓侍者曰：‘取某书某卷某页有某事当补入，以某书某卷某页当参校。’侍者如其言而至，无爽者。”造诣这样深，于史料文典简直烂熟于心。且不光是饱学而已，眼光见识都高人一筹，史馆凡“建纲领，制条例，斟酌去取，讥正得失，悉付万斯同典掌”，“必就正折衷于先生而后定”。
这位《明史》主要作者，不光是梨洲的得意门生，且其参修《明史》，某种意义亦因徐元文说不动梨洲，遂以万季野为其替身。对此，梨洲送季野北上诗是认可的，他借“此世文章推婺女”一句下面的自注，特别提醒季野注意自己实际上是作为浙东学者的代表前往。之后，又多次指点季野在北京以及史馆做人做事的原则，而季野都恪遵不渝。他坚持不受俸、不领衔，以客人身份馆于徐元文家，以示自己只是民间历史研究者，而非官方在编人员，“斯同与人往还，其自署则曰‘布衣万某’，未尝有他称也”。我们知道这正是梨洲所至嘱。另据方苞《万季野墓表》，季野逝世前两年，欲以所著史稿托其保存，“因指四壁架上书曰：‘是吾四十年所收集也，逾岁吾书成，当并归于子。’”“吾欲子之为此，非徒自惜其心力。吾恐众人分操割裂，使一代治乱贤奸之迹，暗昧而不明。子若不能，则他日为吾更择能者而授之。”当时方苞有事南归，“逾年而季野竟客死，无子弟在侧，其史稿及群书遂不知所归。”这其实可视为季野的临终嘱托，而其中所谈，核以先前梨洲赠诗，处处见出季野对师嘱念念不忘，包括向方苞介绍自己修史方法时提到“昔人于《宋史》已病其繁芜”，也来自梨洲观点。所以，万斯同明史写作，很忠实地贯彻和体现着梨洲的主张；换言之，这位《明史》主要作者背后，确有梨洲高大的身影。《明史》的修撰，梨洲虽未亲为，所给予的影响却应谓深刻。