以梨洲大节有亏，前有晚村暗讽，后有章太炎明指。
章氏《衡三老》评点“三老”清初三大思想家，以王夫之为“最清”，顾炎武也不分轩轾，而严厉批评梨洲“以明夷待访为问，陈义虽高，将俟虏之下问”，以及“令其子百家从事于徐、叶间。若曰明臣不可以贰，子未仕明，则无害于为虏者，以《黄书》种族之义正之，则嗒焉自丧颖！”指责《明夷待访录》为讨好满清统治者而作，自己虽未出来为满清做事、避免“贰臣”尴尬，却让没有在前明做官经历的其子黄百家听命于满清权贵徐（即“昆山三徐”）、叶（即叶方蔼）；认为梨洲如此作为，若与王夫之有坚定民族立场的《黄书》相比，宜谓“嗒然自丧”。
太炎先生这里虽未提到吕留良，但上述观点，当多少受到了吕的影响。因为最早就梨洲为人提供上述视角的，正是吕留良；其次，吕终身坚持反清立场以致是它最后的伟大象征，在清末同样高举种族旗帜的激烈反清的章氏，感情上以吕为亲近，是必然的。此实有明确的旁证。1912年，民国设稽勋局，搜集当世及过去于“光复”有功之英烈人物，章太炎为此曾复信稽勋局局长冯自由，“讨论革命诸子酬庸之事”。他认为除创立民国的功勋者外，还要“追怀先烈，有造于我民国，如木水之有本源”，提出了由明入清时的名单。有“明末遗臣国亡以后百折不回者”，有“耆儒硕学著书腾说提倡光复者”；于后一类，首列王夫之，顾炎武、傅山次之，吕留良及子吕毅中、弟子严鸿逵等又次之，而梨洲之名无与焉。
章氏以清末民初思想学术巨擘身份，此论既出，自不乏拥趸，而内中颇具份量的响应者，有陈寅恪先生。陈晚年名著《柳如是别传》称：“后来永历延平倾覆亡逝，太冲撰《明夷待访录》，自命为殷箕子……以清圣祖比周武王，岂不愧对‘关中大儒’之李二曲耶？惜哉！”指《明夷待访录》是为了邀新统治者盼睐而写，这个观点大抵承自章太炎，同时使章说更具体，认为梨洲以箕子自居，而他所“待访”的周武王，便是清圣祖康熙皇帝。
不过，驳难者也大有人在，份量也旗鼓相当。首先就是梁启超先生，他直截了当地表示：
章太炎不喜欢梨洲，说这部书是向满洲上条陈，这是看错了。《待访录》成于康熙元、二年。当时遗老以顺治方殂，光复有日。梨洲正欲为代清而兴者说法耳。他送万季野北行诗，戒其勿上河汾太平之策，岂有自己想向清廷讨生活之理？
正如章说拥有陈寅恪那样强大的附和者，梁论亦不乏地位颇堪匹敌的支持者。钱穆先生便持一样的立论，既有发挥，又提出新的旁证：
惟考康熙己未，万季野至京师，梨洲送之，戒以勿上河汾太平之策。时已距《待访录》成书十五、六年。则梨洲之不可夺者不确如乎！亭林诗亦云：“未敢慕巢由，徒夸一身善。穷经待后王，到死终黾勉。”亡国遗臣之不能无所待者，正见其处心之愈苦耳。
钱穆一是指出时隔十五六年，万斯同去北京参加明史编修工作时，梨洲还严嘱弟子只以学者身份为修明史献力，不可为当局在政治上出谋划策“河汾太平之策”典出隋代王通事，王通曾至长安向隋文帝献《太平策》十二道，更不必说梨洲当年自己写《明夷待访录》有此居心。其次，他引了顾炎武（号亭林）为旁证；顾是坚定反清的，连章太炎也这样高度评价他，然而顾同样有“待后王”的思想和愿望。“未敢慕巢由，徒夸一身善”的意思，是不屑于做巢父、许由那样的人，以独善其身为满足，而一定要积极投身现实、兼济天下。换言之，梨洲自比箕子、以待后王的想法，在正宗儒士当中，十分正常，根本不能解读为“俟虏之下问”。就此，我们为钱穆提出的旁证也提出一个旁证，顾炎武读到《明夷待访录》后，具函于梨洲论之：
顷过蓟门，见贵门人陈、万二君应指梨洲弟子陈锡嘏和万言，具谂起居无恙，因出大著《明夷待访录》，读之再三，于是知天下之未尝无人，百王之敝可以复起，而三代之盛可以徐还也。天下之事，有其识者未必遭其时，而当其时者或无其识，古之君子所以著书待后有王者起，得而师之。
这里，顾炎武言及“古之君子所以著书待后有王者起”，态度极自然，觉得是有志君子一种很常有的想法，而毫无以为梨洲意在讨好满清的反应。由此也可见，章太炎、陈寅恪的反应，有其不自然和夸张，脱离了古代儒者的思维方式。
章、陈等疑梨洲大节有亏，从《明夷待访录》各篇正文，并不能获得任何支持；他们的根据，都在前头的那篇《题辞》。好在其文不长，下面整个抄一遍，以细辨梨洲原意：
余常疑孟子一治一乱之言，何三代而下之有乱无治也？乃观胡翰所谓十二运者，起周敬王甲子以至于今，皆在一乱之运、向后二十年交入“大壮”，始得一治，则三代之盛犹未绝望也。前年壬寅夏，条具为治大法，未卒数章，遇火而止。今年自蓝水返于故居，整理残帙，此卷犹未失落于担头舱底，儿子某某请完之。冬十月，雨窗削笔，喟然而叹曰：昔王冕仿《周礼》，著书一卷，自谓“吾未即死，持此以遇明主，伊、吕事业不难致也”，终不得少试以死。冕之书未得见，其可致治与否，固末可知。然乱运未终，亦何能为“大庄”之交！吾虽老矣，如箕子之见访，或庶几焉。岂因“夷之初旦，明而末融”，遂秘其言也！癸卯，梨洲老人识。
其中，梨洲叙说了本书的写作经过。前年壬寅夏，即1662年夏天，梨洲开始动笔。“未卒数章，遇火而止”，谓写了没有多少，因火灾而搁下了。考《黄宗羲年谱》，得知是年“二月壬子八日，龙虎山堂灾。五月乙亥三日，故居又灾。公诗所云‘半生滨十死，两火际一年’是也。”结合那个“夏”字，可知“遇火而止”的火，应指第二场即五月三日火灾。由此又考得《明夷待访录》写作地点，为黄竹浦故居。故居失火后，当年九月，梨洲暂迁蓝溪陆家埠居住，一年多后“返于故居”，意外发现书稿尚未毁于火而幸存，于是在“儿子某某”请求下，于癸卯年（1663）十月重新恢复写作。
除了写作经过，《题辞》另一内容是谈写作动机。他说，从前自己对于孟子总结的“一治一乱”的历史规律，颇存疑问，因为“三代而下”的历史情形“有治无乱”，对不上号。直至了解到胡翰“十二运”之说，这个疑问方才释然。胡翰是元末明初硕学，曾在太祖年间参与修《元史》，归居长山之阳，世称“长山先生”。“十二运”应是胡翰独创的一种历史模型，笔者闻窄，不知其详，仅从梨洲知一大概：“起周敬王甲子以至于今，皆在一乱之运、向后二十年交入‘大壮’，始得一治”。周敬王名姬匄，纪元前519—前475年在位；胡翰说从那时直到当下皆在“一乱之运”当中。他肯定有自己一套推导方式，虽然我们并不了解细节，然据“大壮”一语略知其由《周易》生发。大壮，是六十四卦之一；孔颖达疏：“壮者，强盛之名。以阳称大，阳长既然多，是大者盛壮，故曰大壮。”古代儒者很信赖易学，觉得可以推演政治历史以至万物的规律，梨洲本人也是易学专家，曾经花了很大功夫研究它。在此，我们虽不具备相应的知识和能力来探讨个中问题，然而仍可读懂一点：以梨洲的易学认识和造诣，他觉得胡翰的假说已经说服了自己，使他先前对长乱不治的困惑得以消解；概括起来，从周敬王时代起历史进入一轮“大乱”，而现在是这黑暗时光的尾声，历史不久即将脱离大乱而达“大壮”。
因为参破这一点，或者说终结了已久的困惑，他于是着手去写《明夷待访录》。“条具为治大法”，便是想为即将到来的治世备具方略。很清楚的，这里的治世，是指经过二千多年痛苦的积累和转化，才迎来的由乱而治的大的历史轮回，绝不是清之代明这种朝代更迭的小范围、浅层次之事。换言之，虽然梨洲的确是在“上条陈”，但这条陈绝不是上给特定某个朝代，更不是上给康熙这个特定皇帝，他是上给漫长乱世之后终于应运而生的“圣王”——那实际上是一种抽象的体现历史正义的理想化身。我们自然知道，他不过是靠着易学的神秘推算，来认定一个所谓“大壮”时代即将到来，这假设本身没有多少道理，但他自己笃信不疑，因此要未雨绸缪，提前替它从思想上做好准备，以供将来“圣王”采纳，来尽一个智识者的责任义务。
不错，他讲到了箕子；箕子故事，也确有以殷遗臣而受周武王之访的含义。但何以见得梨洲“自命为殷箕子”，就是“以清圣祖比周武王”？陈寅恪先生这一番联系，未免过于跳跃。《明夷待访录》动笔于康熙元年，经火灾中辍，续作于康熙二年。而我们知道，玄烨登基年甫八岁以今之算法，实龄七岁，政事由顾命大臣行摄，直到十四岁才正式亲政。那么，作于康熙元、二年的《明夷待访录》，其“圣王”怎可能是指尚在冲龄且未亲政的“清圣祖”？其实，熟悉梨洲生平的人很容易发现，“以清圣祖比周武王”之臆想出自一种倒推；梨洲后来确对玄烨有不少的溢美与称颂，陈氏是从这个印象出发，将《明夷待访录》中“圣王”的所指，与玄烨混为一谈，他忘记了从时间上说这在当时还不可能。
那么，梨洲“如箕子之见访”究竟何意？此需进而看箕子故事的深层含义。
箕子乃商王室贵戚，纣王之太师。纣王失德，箕子与比干等数谏而不纳。比干被处极刑，“刳视其心”。“箕子惧，乃佯狂为奴，纣又囚之。”后来，武王克殷，“访问箕子”；“问箕子殷所以亡。箕子不忍言殷恶，以存亡国宜告。”箕子回避谈论殷的丑恶之处，而只以周国应该怎样做正确告知武王。
这是箕子故事较完整的廓盖。从中可见，箕子与周武王事，除了国家层面互为敌人的关系，还有一个正义、非正义主题。纣王虽为本国之主，却是恶的代表；武王虽为敌国之君，却居仁义及善。实际上，这个历史典故所以使人津津乐道，萦绕千载，就在于它内有的矛盾复杂性。结合完整语义，梨洲自比箕子，首先是基于过去二千多年都为“一乱之运”的判断，自己是这乱世的孑余，有幸要逢着乱世的终局而迈向“大壮”，这意味着必将要有一位武王般的“圣王”出世，于是自己便欲仿效箕子，对未来的“圣王”“以存亡国宜告”。箕子为武王出《洪范》，《明夷待访录》也是梨洲的《洪范》，同样是讲堂正善好的治世之道。我觉得，他自比箕子，一方面指过去二千多年都是乱世；另一方面，内心恐怕和箕子一样，以所出身的本朝亦即明朝为恶。这样的思想感情，他是有的。或许，他有很多直接的联想；万历尤其天启以来的明朝与殷末不分伯仲，也有纣王，也有比干比如许多东林惨死者、微子和箕子。在这种现实联想中，他是把自己放进去的。不过，那位“武王”，主要还是一个抽象、未知的形象，是一种正义美善伦理的概念。他在艰难中，等待着这样的人或时代出现。能不能等到呢？实则他内心也并无把握，故而写到王冕，说：“昔王冕仿《周礼》，著书一卷，自谓‘吾未即死，持此以遇明主，伊、吕事业不难致也’，终不得少试以死。”王冕是由元入明之人，当时大概以为黑暗即将过去，很快迎来光明；但显然朱元璋并非那样的人，王冕理想“终不得少试以死”。梨洲暗示，这也可能是他的命运。但他不肯弃望，说“吾虽老矣，如箕子之见访，或庶几焉。岂因‘夷之初旦，明而末融’，遂秘其言也”。“夷之初旦，明而末融”亦本《周易》，“明夷”乃六十四卦之一，程颐释其教益曰：“君子当明夷之时，利在知艰难而不失其贞正也。在昏暗艰难之时，而不能失其正，所以为明君子也。”所以梨洲的意思就是，时下虽然昏暗艰难，但我不能为它困住、灰心，把所思所愿带到坟墓里去；我还是要表达，要说出来。
我们依凭文本，逐字逐句看下来，没有办法赞同章、陈等先生关于《明夷待访录》是向清统治者上条陈抑或为玄烨歌功颂德的见解。甚至，我们也不赞同梁启超、钱穆为驳章太炎而提出的“以顺治方殂，光复有日。梨洲正欲为代清而兴者说法耳”那番意思，它也是牵强的。梨洲的思考，是一种对很大范围的中国历史去从的思考。“明夷”，是艰难中不弃的情怀；“待访”之所“待”，指向未来的人道社会的复兴。
故而，明里暗里指责梨洲有变节之嫌，尤其是讽他出于“势利”而媚时，并以《明夷待访录》为证状，绝然有失公允。这极大减损了《明夷待访录》对中国思想和历史文化的意义。事实上，《明夷待访录》是中国儒家思想体系从其自身历史模型和逻辑，就公平正义、文明方向或何谓“好社会”而提出的既具近代高度又具原创性的构想；这种历史的远眺，不可能针对满清那等文明水平政权而发，章、陈的解读不但贬抑了梨洲的思想含量，也势必遮蔽中国思想自身进化的线条。有关《明夷待访录》以及梨洲其他著作中的政治及社会伦理内涵，后面我们择机专门再论，此处先替他辩洗诬谤。