但梨洲那样的知识者，对于工作无法只以挣钱为目的。假如有这样两件事供他选择，一件让他觉着主要只是养家糊口，一件则在有所收入的同时更有益于开展个人的思想、知识与学术的探索，他无疑会中意后者的。我们猜想，在语溪吕家私塾教书与在绍兴证人书院作高层次讲学之间，便是如此；而围绕自己形成一个专门的个人讲台的甬上证人书院，去指导二十几个高级人才，更不言而喻，这区别就好像从教小学生变成带研究生，他思想的施展、学问的投放和精神空间的扩展，都不可同日而语。
他这批学生，质地优异。前面讲万氏子弟有几个后是经史大家，余如陈锡嘏、仇兆鳌、郑梁、陈夔献、范光阳等，都非等闲。他们投在梨洲门下前，读书已有相当深度，起点很高。他们向梨洲求的以及梨洲传授给他们的，自然是高一等或更专门的学问。像郑梁那样，拜见梨洲后，尽弃所学，将日后所作统称《见黄稿》，就反映师生间教与学处在一个怎样的层次。
具体讲，梨洲带这批“研究生”，以什么为教学内容？主要是乃师刘宗周的思想体系。学生们认他为师，集体追随他，也是冲这个而来。宁波讲学地沿用“证人书院”名称，亦寓继承、发扬刘子之学，将它从越中推广到甬上的宗旨。对此，范光阳的表述可谓清晰：
蕺山刘忠正公之学，自吾师姚江黄梨洲先生始传于甬上。其时郡中同志之士十余人，皆起而宗之，以为学不讲不明，于是有证人之会。
不妨说，甬人证人书院其实便是一个由梨洲掌教鞭的刘宗周之学高级研修班。
而这恰是梨洲满心希望做的事情。
自父亲就逮时将自己托给刘宗周，一直到老师殉国为止，梨洲在外虽有“蕺山三大弟子”的名头，但他知道其实不配，老老实实承认“聊备蕺山门人之一数耳”。他很好读，读过的书算是不少，然而一则偏在史籍方面，二则缺乏系统性。刘子之学，主要成就在哲学及伦理方面，注重知识本源，精于理路审辨。这一直是梨洲学问的弱处。崇祯七年（1634），他陪刘宗周去嘉禾，途中老师正读高攀龙所著《高子遗书》为馈，“每至禅门路径，指以示弟”，一遇哪些说法、概念非儒家固有，而由佛学混入，就指给梨洲看，而“弟是时茫然”。这须以对儒、释两家经典烂熟于心为前提，而梨洲当时还不具备这样的知识储备。由于这样，他很难真正进入老师思想体系，领其堂奥。
对他造成妨碍的，一是应举，二是交游，三是年龄。梨洲青年时代不少好光阴，耗于应举。同时，在杭州、南京、吴中以及皖南，遍结名士，“无日不相征逐”，难以静心敛志于学。这也是明代士林的基本风气。梁启超曾说：“明朝人不喜读书，已成习惯。”这一是八股所害，二因慕尚清谈道德空言。“明朝以八股取士，一般士子，除了永乐皇帝钦定的《性理大全》外，几乎一书不读。学术界本身，本来就像贫血症的人，衰弱得可怜。”这种不读少学的固陋，梨洲就曾亲见不少，在文章中举过例子。而慕好空言的典型情形，大抵如明亡后批判者所形容的那样：“无事袖手谈心性，临危一死报君王。”实则梨洲自己原也未能逃脱于此风气之外，一面为应举虚掷不少光阴，一面被交际征逐弄得浮在表面，虽然我们说秦淮河畔风流有着精神解放的意味，但学问上的轻浅也是其中不必讳言的弊端。及南京失陷，梨洲又投身抗清事业，仍是东奔西走。总之，前后加起来得有三十年，梨洲实在既无时间，也没有心思，专心于学问。抛开客观原因，从梨洲自身找找主观原因，我们觉得年龄大概是个决定性因素。年龄之所以每每影响或左右了人的胸襟、识见和器局，是因为它代表阅历和人生经验，许多年轻时见不到、理解不了的东西，经过一定岁月的洗濯，却慢慢地接近了。生活实践确实是一部大书，或一位无言而又极为善诱的老师，它会把沉郁的道理不动声色启发给你，对于有领悟力或善于反思的人来说，尤其如此。梨洲无疑就是这样一个人。他天性相当通透、自由，这意味着他不会循规蹈矩、为读书而读书；相反，一度或对某种读书比如“死读书”还有所排斥或抵触，童年时把学业丢在一边，偷读演义，反映着他这种性格。但他其实又是真正的读书种子，一旦读书的意义与热望从内心点燃，成为思考的需要与自觉，他的创造力就喷薄而出，远远超过许多似乎从来都是埋头苦读的人。
对梨洲来说，抗清失败不仅是一生思想转折点，也是学问上的转折点。全祖望说：“海氛澌灭，公无复望，乃奉太夫人返里门，于是始毕力于著述。”邵廷采则说：“遂奉太夫人避居山中，大启蕺山书，深研默究。”尘埃渐落，梨洲于痛苦和迷惘中，有生以来真正感觉到了研读的渴望，过去从未认真碰过的老师的书，都被找出来，从头学起。为何如此？他自己有个总结：
受业蕺山时，颇喜为气节斩斩一流，又不免牵缠科举之习，所得尚浅。患难之余，始多深造，于是胸中窒碍为之尽释，而追恨为过时之学。
“患难之余，始多深造”，这句是关键。他还有一段话：“天移地转，僵饿深山，尽发藏书而读之，近二十年，胸中窒碍解剥，始知曩日之孤负为不可赎也。”过去，为了举业，为求出身和功名，他被动地读，但全无感觉，更不必说开窍，乃至隐隐为之生厌、有意待以“孤负”的态度。如今，经过了颠沛流离、苦海浮槎，读书一下子闪现全新的意义，焕发夺目的光泽，是如此充盈、丰满、厚实。
归根到底，在于丧乱之后的读，终于发见了自己、走向自己。他这种人，注定不能在名缰利锁的驱赶之下读书和为学，不少读书人属于此类，但真正的思想者都不是。对梨洲，那反而是一种毁坏，一旦与人展开试卷优劣较量，他会一无是处，会把他自身种种优长——独立的思考与发现、深刻的忧患、巨大的心灵、求知解惑的饥渴与能力等等，全都丢在一边，没有用武之地。所以从头看过，“初锢之为党人，继指之为游侠，终厕之于儒林”，初、继、终，这三部曲在梨洲竟是环环相扣、缺一不可。他非得有那样的初，那样的继，才有那样的终。有的人，无须什么初和继，三脚两步，一下就厕于儒林；更有“连中三元”的极品，接连解元、会元、状元，一马平川、略无停顿。这是另一种“儒林”，梨洲所能“厕”的，不是这一种。所以他得等到四十岁后，历了许多磨难、看了许多沧桑，才开窍，才找到读书和为学的感觉。就此言，那个“天崩地解”“天移地转”的时代，于他既为不幸，又是一大幸运。如非这现实的激发、刺痛和历练，他也许还觉悟不过来，也许还握不住自己的本质。现在，他无疑牢牢抓在手里，而所有的苦难、愀然和悲闷，都化为一笔巨资，助他一跃登上时代思想之巅。
邵廷采说，梨洲“大启蕺山书，深研默究”后，得一结论：
世知蕺山忠清节义而已，未知其学也，其学则集有宋以后诸儒大成，圣人复起，莫之易也。
一般只把老师作为道德楷模，连同他思想也被道德化了，然而那是表皮；老师的书是对人生和世界的研究，表述并提供了深刻认识和思想的方法，是宋以来儒家哲学的总结。正因意识到刘宗周学说有丰富的思想价值，梨洲幡然醒悟，像发现了闪闪发光的金子。这种发现，不仅来自刘子学说本身，更有时代现实际遇的作用。梨洲未经“患难”，并不能察，而现在怀着苦闷、苍茫、痛怅、没有出路的心情，却才读到和读懂。在这“天崩地解”的时刻，老师之学好像一剂解药，可救世上精神苦无支撑之人。他自己已经从中找到了支点，而觉着必有更多与己同感的人也能受益。这是他忘忧钻研蕺山思想体系，想要传播它，向人们讲授它的原因。
应该说，梨洲的认识是痛定思痛的结果。明之未亡，他同一班青年才俊寄希望于政治的改革，并致力于此；明既亡，他在不甘中，效螳臂之奋，去尽最后一点抵抗的余力；明终于亡定，他曾万般苦痛却终不沉沦于此，“独坐雪交亭”穷思冥想，要为亡国从历史及精神上找出说法、提取教训，待望民族的复生。他的这番精神轨迹，也非常投合当时一切有责任、有担当、有批判的爱国知识分子的心路，这就是为什么他能在自己的时代脱颖而出，成为思想宗师。
甬上青年学子苦闷中听到万氏兄弟对梨洲思想的宣扬，便有找到出路之感，联袂投在他的门下。邵廷采曾将他对刘宗周思想的烛照，归纳为四个方面，“要其指归之精微者有四”。这四个方面，牵涉宋明理学许多专门内容，不易普通读者了解。从通俗的角度，我们推荐全祖望下面的概括：
公谓：“明人讲学，袭语录之糟粕，不以六经为根柢，束书而从事于游谈。”故受业者必先穷经，经术所以经世，方不为迂儒之学，故兼令读史。又谓：“读书不多，无以证斯理之变化，多而不求于心，则为俗学。”故凡受公之教者，不堕讲学之流弊。
力倡为学求知、思想恪守三义：一、戒空谈；二、多读书；三、证于心。明代亡国，有说亡于空谈，单这么讲或有些以偏概全，但士大夫满口道德虚言、遇事无真才实学，确为长久的痼疾，国家虽非直接亡于此，可高谈阔论怎样一点点把国家拖垮，从趋势来讲一目了然。而刨根问底，空谈成风或标语口号、豪言壮语大行其道，根源实在于不读书，国家以空头文章八股取士，彻底毁掉了士林，无知者无畏，不读书者少学无知，少学无知故敢夸夸其谈且不以为耻，前面我们也曾讲过梨洲亲眼见过的几个这类极品，所以他痛陈必须重视读书。多读书、肯读书，不单单是多几本、少几本的问题，而在于培育一种“尊重知识”的态度。如能尊重知识，进而则能尊重事实，养成知轻重明深浅、谨言慎行、言必有据、言必讲理的理性客观风气。最后，多读之外，还要有“证于心”的觉悟和意识；“证于心”，“知”才不是死学问，才能够从“知”变为“识”。“证于心”的实质，是一个“诚”字；所谓心，并非随心所欲之心，而是不矫不伪、清澈澄明、与物无违之心，刘子目为主客观统一体：“心无体，以意为体；意无体，以知为体；知无体，以物为体。”心能如此，可致“诚意”，“诚意”并非人格层面上的真诚、守信，是客观与主观、主观与客观双向圆融通畅，让认识真正透明，扫除矫、伪和各种窒碍，如事物本来那样认识事物。
虽然梨洲的批判和总结，得之明代，并针对当时现实，但我们身在其他时代，却同样可以深有同感。那时距今，中间隔有三百多年，然而很多情形让人颇为眼熟。笔者出生于二十世纪六十年代，自幼记忆之中，中国便空谈成风，标语口号、豪言壮语大行其道。尤其也不欲人读书，至言“知识越多越反动”，办任何事都摈排理性、不重客观，讲“人定胜天”，讲“大无畏革命气概”等。经过“文革”惨痛教训，公然的“读书无用论”虽不再弹，知识权威及信仰却仍难以恢复，表面上教育背景或学历重新变得重要，实际上对于读书普遍只抱实用、功利态度，不为健全头脑而学，视为考试、职称、进身的敲门砖。据近年《中国青年报》：“联合国教科文组织进行的一项调查显示，全世界每年阅读书籍数量排名第一的是犹太人，平均每人一年读书64本。而中国13亿人口，扣除教科书，平均每人一年读书1本都不到。”“在全国有限的人均购书中，八成都是课本教材。在各大书店的销售统计中，教材参考、考试辅导类书籍也占了很大比重。”亦即本已可怜的阅读量中，绝大多数出于功利需要，而非求知目的。新形势下，当年“读书无用论”，如今翻成“读书有用论”：
时下，一种新的“读书有用论”正悄然流行，非“有用”的书不读，而“有用”的定义变得非常狭窄。
无用、有用，内里皆因视知识若无物。前引梁启超批评明代人不读书，“一般士子，除了永乐皇帝钦定的《性理大全》外，几乎一书不读”，也谈到吕留良立志教育改革等，拿当代情形对比一下，大家是否觉得非常相似？而不读书则是表象，根子在对真知、真学、真相漠不关心，伪知、伪学、伪相却吃得开、行得通。这势必陷整个社会的精神于病态，人们都不求思想与客观或真确事实一致，也不求内心的澄明清澈，只在猪油蒙心状态中混世兼自欺。所以，当明朝真正亡国以后，梨洲和顾炎武等一批杰出人士，对亡国教训的反思，不再仅满足于社会现实批判或历史的周期性兴衰等老生常谈，而将层次提高到思想结构及方法的良莠正误，直指明朝的崩溃根植于精神文化的失败，令人茅塞顿开。甬上青年学子对梨洲趋之若鹜，确因他拨亮了大家心中原本幽暗的灯草，突然亮堂起来。继看以后，我们说清代学术和思想风气，较明代有一百八十度大转弯，从慕好空谈虚言一下子转到重客观、重实学和实证的样貌，对此过去较多看到异族统治的压制和禁锢作用，实则更有一代人基于明朝亡国，痛定思痛，在思维方式上主动求变的因素。