“世忠营”瓦解，太冲回家，接了老母，奉之躲入山中。作为抵抗者，他当然登了黑名单。关于这种地下状态，他自己有过一番统计：
自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告讦者二三，绝气沙者一昼夜，其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死者矣。
两次被悬赏捉拿，一次遭通缉，被包围在城中一次，受人以谋反检举二三次，曾逃于野外藏身土台一天一夜不敢动，至于平时被巡逻哨盘查，则不计其数。
四明山失败后的丁亥、戊子，整整两年都是这么度过的。主要躲避地点，是化安山。偶尔也悄悄潜回黄竹浦。所幸那时天网恢恢疏而有漏，还比不了今天的密如蛛网，否则太冲早就被绳之以法了。
在那人迹罕至之地，他用研究历法和数学打发时间。我们往往以为他只是人文学者，其实，太冲算得上近世重要的自然科学家。清代历算之学以梅文鼎成就最高，全祖望却说：“其后梅徵君文鼎，本《周髀》言历，世惊以为不传之秘，而不知公实开之。”称梅氏先驱实为黄宗羲。而其自云：“勾股之术，乃周公、商高之遗，而后人失之，使西人得以窃其传。”一是认为中国数学衰落已久了，言下之意，到他这儿才重续旧脉。其次，似乎他的历法与数学得之“西人”，当然，以他看来西方这类学问源出中国，他不过使之回了娘家而已，但由此看出，他是中国近世较早向西方学习自然科学的人物之一，具体经过我们并不清楚，有人推测可能从前在北京游历时与汤若望等有过交往。也许如此，不然我们似乎也找不到太冲对这学问发生兴趣的由头。崇祯七年，他偶然结识明代大历学家周云渊之孙周仲，于其府上见到周氏遗著《神道大编》数十册，太冲“欲尽抄其所有”，只因周仲出门远游，“未果”。无论如何，兴趣是早就有的，化安山的研究并非心血来潮。这一是因为他自认有历算天分，“自谓：‘屠龙之技，无可与语者。’”二是古代认为历法关乎天命，精研确算，有禆政治。避祸间，他写了十几种历法、数学著作，“所著有《春秋日食历》《授时历故》《大统历推法》《授时历假如》《回回历假如》《气运算法》《勾股图说》《开方命算》《测图要义》诸书，约在此数年中”。惜多佚，仅存名录。《叙陈言扬句通“勾”股述》说：
余昔屏穷壑，双瀑当窗，夜半猿啼伥啸，布算簌簌，自叹真为痴绝。
说的便是这一段。既以“痴绝”形容，可见是很下了苦功夫的。但他叹道：“及至学成，屠龙之技，不但无所用，且无可与语者，漫不加理。”原因是国家破亡，根本用不着，想来这也从侧面平添了亡国之恨。不过，太冲这一绝学，后来儿子百家有所继承，他的辛苦不算完全白费。
藏身两年，己丑年（1649），清顺治六年他终和鲁王重新接上头。这时，鲁王经过一段萍飘，落脚于宁海以南、台州以东的健跳所。所是明朝的军事防卫单位。黄宗羲赶去从亡。朱以海所以落脚健跳，首先是之前福建的存身地，已被清军占领，原先挟鲁王以自重的建国公郑彩，也“弃上而去”；二是健跳所地处海防，敌退我驻，敌来我跑，可随时遁入大海。
这时鲁王身边的人，寥寥无几，《行朝录》连同太冲在内，只提到了八个人。虽曰朝廷，却小得不能再小了，而礼度仍然不废，“每日朝于水殿”，上朝、退朝的形式，坚持不辍。所谓“水殿”，不过就是破船而已，亦即前引太冲所述“御舟稍大，名河船，其顶即为朝房，诸臣议事在焉”。甚至还象征性地举行过科举考试，“试其士之秀者入学，率之见上，襕衫巾绦，拜起秩秩”。其情景，一方面让人感动，因为毕竟是在极艰难之中努力维持国家制度;另一方面，也很可感慨——中国之与科举一物不离不弃，真可谓无以复加，即此穷途末路、百事俱废，也丢不下它。
这八人中，太冲与礼部尚书吴钟峦最善，《思旧录》单独写到他。组织一帮士子搞科举考试的，就是吴钟峦。太冲出于对科举的一贯看法，显然并不欣赏，对吴表示“以为不急”，吴则回答说：“此与昔人行冠礼一意耳。”意思是他做这件事，并不因为它有何实质意义，而是作为国家或民族精神的一种坚持和体现。从这个角度，太冲显然是理解了，从内心对吴感到尊敬，通篇对他以“先生”称。以抒情笔调写两人之间的情形：
觞余于鲸背之上，落日狂涛，凄然相对，但觉从古兴亡，交集此时，何处容腐儒道得一句。
不久，太冲辞别行朝，“先生驾三板船送别三十里以外”，太冲忆之曰“至今恻恻”。吴钟峦最后在舟山告破之际，壮烈殉国。“赴难，抱夫子栗主，自焚于庙。”怀抱孔子牌位，在孔庙自焚而死。
健跳所的日子，实在无聊得很。“诸臣无所事事，则相征逐而为诗。……愁苦之极，景物相触，信笔成什”，无非是“寄命舟楫波涛”。这种无聊，实际是行朝氛围所致。乱世之中，草头王说了算，谁握兵符谁就是老大，监国亦无非其手中橡皮图章而已。之前居这角色的是郑彩，眼下是定西侯张名振。这些武人，把持行朝一切。《黄宗羲年谱》谓：
时国事归定西侯，即阁臣张公肯堂亦不得有所豫同“予”。
全祖望谓：
时诸帅之悍，甚于方国安、王之仁，他们为最早的两个跋扈的大帅。文臣稍异同其间，立致祸。
当时四明山有一支武装，领袖王翊，抗清甚是得力，战功卓著，屡致“浙东震动”。己丑六月，监国在健跳所“分使使山寨拜官”，即给地方上各抗清武装授予官衔。这些武装的首领，一般都自封将军都督，“未有三品以下者”，监国“嘉其慕义，亦因而命之”，一概予以承认并正式授衔，偏偏王诩，仅授御史，官级七品。太冲以为不妥，上疏说：“诸营小或不及百人，大亦不过王翊一部，今品级悬殊，以之相临，恐为未便。”这意见，大学士刘沂春、礼部尚书吴钟峦都表同意。但张名振“持之不肯下”。为什么呢？“初，诸营迎表，皆因名振达。独王翊不关名振。”太冲觉得极其不公，他在《行朝录》不同段落，一再提到此事《四明山寨》《海外恸哭记》。
于是，他很快离开了。他是六月到的健跳所，离去时间未见明载，但据《黄宗羲年谱》笔意推之，大约在八月，前后在“行朝”总共不过二三个月。辞去的理由如下：
公之从亡也，太夫人尚居故里，而中朝诏下，以胜国遗臣不顺命者，录其家口以闻，公闻而叹曰：“主上以忠臣之后仗我，我以所栖栖不忍去也，今方寸乱矣，吾不能为姜伯约矣。”乃陈情监国，得请，变姓名，间行归家。
胜国，不是战胜国，相反，恰系亡国。姜伯约，即姜维，伯约是其表字，他在诸葛亮死后辅佐后主北复中原事业。陈情，指因奉孝之故提出辞职请求，晋武帝时李密写了千古传诵的《陈情表》，后遂以“陈情”指此类事。“录其家口以闻”是指，满清为扑灭抵抗运动，下令对所有参与者的家属统计、登记、上报，其实就是以株连相威胁。太冲说，为了母亲不受牵累，他要回家。
太冲辞去，直接理由是满清这道政令，然而实际也只是一个理由罢了。其他从亡者，故里自然各有亲眷，所受威胁是相同的，却并未都就此辞去。当然，会有一些区别。像吴钟峦等年长者，高堂或已不在人世。士大夫讲“忠孝两全”，既要尽忠也要尽孝。所以刘宗周谈他宜死的决定时，曾说：“叠山封疆之吏，非大臣比，然安仁之败而不死，终有遗憾。宋亡矣，犹然不死，尚有九十三岁老母在堂，恋恋不决耳。我又何恋乎？”这是讲谢枋得号叠山故事，宋亡后，谢未当即殉国，而是活下来，直到蒙元逼其出仕，才绝食而死，原因即上有老母。刘宗周以谢枋得为比较，认为他有令人遗憾处，但可以理解，自己则无任何理由活在人间。眼下，太冲辞朝回家，也以孝道为由，这在古君子是可以成立的，李密《陈情表》流传千古，正因很好地表述了忠、孝之间独特的矛盾。后来太冲逝世，门生为之拟以“文孝”私谥，这件事也是依据之一。
但是，我们却认为是他的一个借口，莫非暗示太冲当了反清运动的逃兵？并非那样。关键在“吾不能为姜伯约”一句。姜维这个历史人物的突出特点，是他于诸葛亮死后，在自身能力既不足，客观上又事不可为的情形下，仍勠行“丞相”北复中原的遗志。太冲以这典故，寄予了对追随鲁王抗清，已不觉还有希望的潜台词。前面我们已见到他对健跳所的诸般描述，墨渖之间，充满乏竭空虚，可以说没有一点苗头。这二三个月的见闻，想必已使太冲认清“行朝”完全不可能有所作为。待在这里，徒自凄苦而已；他不愿做这么无谓的事，尤其是不想通过与鲁王不离不弃来表达什么。
这是太冲与张肯堂、吴钟峦、张煌言那样的大明忠臣不同处，甚至也不同于他的老师刘宗周。前面讲太冲起兵时，坚以布衣为请而不获允，当时我们只讲了他这做法的出处，于其深意则表示“俟后再谈”，现在是时候了。
所谓“布衣”，也即无官之身。鲁王想授他官职，而太冲不要。这并非谦逊或清高。官职首先意味着“食君禄”，食人之禄，忠人之事；接受官职，道义上就有尽忠的义务。太冲希望以布衣起事，实际的意义是，自己出于“义”而抗清，非为对大明效忠而抗清。进而说得再清楚些，在太冲那里，“反清”与“复明”是需要区分开来的事，很多人反清即为复明，而太冲内心则绝非因为复明而反清。这几乎是理解太冲时最最关键的一点。当然，他自己从来没有做过这么明确的表示，严峻的客观现实不允许在这时发这种议论，但我们看他一生，参详他思想的全部轨迹和变化，完全可以肯定，太冲对于明王朝不抱任何好感。一是自己家庭的不幸，一是明朝从头到脚通体的劣坏，这个王朝的毁灭，太冲不要说为之痛心，只怕反而是“时日曷丧？吾与汝偕亡”的畅然，读一读《明夷待访录》“原君”篇，那对涂毒天下的独夫的愤慨之情，字字句句得之他对明朝历史和政治现实的切身感受。他在明清鼎革之际，觉得“天崩地解”，所指根本不是明室的崩溃，而是野蛮部族入主中国可能导致中华文明大黑暗的结局，他是从文明忧患角度、作为爱国者而起兵反清。
太冲这一番心腹，历来竟无人会意，连章太炎、陈寅恪那样的饱学之士，也不能理解，将太冲晚年对满清的态度视为一种“转变”。实则应该说太冲早在十七世纪就已达到了以文明冲突衡定历史与是非的思想境界，他眼中天下兴亡根本无关乎“一人一姓”，他绝不要当朱姓家奴，只认更好、更文明、更合理的治政，后来康熙皇帝展现了这种气象，故而他欣然接受，不因其为异姓或“鞑虏”而排斥。
眼下，他看破“行朝”必将一事无成，决然地辞去了。