这时，梨洲仍未走出亡国之痛，故《留书》仍以“攘夷”为主线，篇篇所论不逾此，连殿后的那篇《史》，亦标格夷夏之防，奉反夷狄为史学之纲。他说：
宋之亡于蒙古，千古之痛也。今使史成其手，本朝因而不改。德祐君中国二年，降，书瀛国公，端宗、帝昺不列《本纪》，其崩也，皆书曰“殂”；虏兵入寇则曰“大元”，呜呼！此岂有宋一代之辱乎？而天下恬然不知为怪也。
批评明朝将蒙古人赶回大漠、恢复中华之后，坐视元蒙所修《宋史》中诸多污辱中国的记载与字眼，而不改。他借此为例，申述修史的重要，其实那正是他当时立志自己要去做的一项工作。
舟山陷落后，梨洲在理论、史撰与学术三个方面，投入精力最多的，主要是史撰。这一来是他自幼对于史学最为倾心、关注，自视“故学于旧史者也”；二来更是现实情愫所系，对亡国痛史难以释怀，既不忍其淹灭，又亟欲探其教训，所以注意力几乎全部集中于对“当代史”的描述，经见证人的身份将之形诸史册。
这些作品，主要有《弘光实录钞》四卷、《行朝录》十二卷、《海外恸哭记》一卷。《弘光实录钞》专记甲申国变后朱由崧在南京由监国到登基为弘光皇帝，直至南京陷落后头两个月东南各地的情形。《行朝录》则是关于隆武、绍武、鲁王、永历几个明朝流亡政权的记载“行朝”之意，即今所谓“流亡政府”，兼记一些重要的局地情况和事件，如“赣州失事”万元吉事、“舟山兴废”舟山根据地情况、“日本乞师”赴日求援、“四明山寨”四明山根据地情况、“沙氏乱滇”沙定洲事、“赐姓始末”郑成功事、“江右纪变”金声桓事，各篇也经常单独地被史家征引。《海外恸哭记》从个人亲历视角，讲述从亡鲁王于海上，及这一支抗清武装前后发生的变故。
有确切写作年代的，仅《弘光实录钞》。其《序》云：“古藏室史臣黄宗羲识，时戊戌冬十月甲子朔”，戊戌即1658年（清顺治十五年），十月甲子朔，即十月初一，而《序》中又云：“十日得书四卷，名之曰《弘光实录钞》”，因知全书写作过程十天，即九月廿一日动笔，十月初一写完，时间相当具体。次而并未标写作时间但可推知者，为《行朝录》。其《序》云：“向在海外，得交诸君子，颇欲有所论著，旋念始末未备，以俟他日搜寻零落，为辑其成。荏苒三十载……”则《行朝录》写成，距当时已约三十年，若以1645年浙东起义为始，姑推书成约在清康熙十四年（1675）年左右，而梨洲年六十六上下。写作年代完全未详者，为《海上恸哭记》，但我们却认为，梨洲数种史著当以它为最早，比《弘光实录钞》还早。后者作于舟山陷落1651年后七年，《海上恸哭记》却极可能写在舟山陷落当时。盖有几点为证：第一，梨洲写时只敢用化名，自称“”，表明当时他正处秘密或潜逃的状态；第二，所记内容，自1645年浙江兵溃、鲁王入海流亡起，正好到舟山陷落截止，显然是特地为自己这段经历而写；第三，其《序》口吻，显示写作是受舟山悲剧直接刺激，为之记以备忘，同时心犹未死、对未来尚抱幻想：“因次一时流离愁苦之事，为《海外恸哭记》，以待上指鲁王之收京返国，即创业起居注之因也。”第四，《海外恸哭记》书名取自谢皋羽《西台恸哭记》，两者写作应出相同心态与感情。梨洲曾于崇祯十一年（1638）读《西台恸哭记》，见“中多忌讳隐语”而为之作注，作注过程中，显然对何为亡国之痛有了一番深深体会，他后来说：“岂知是后七年，而所遇之境地一如皋羽乎！”没有想到自己也亲身经历了一样处境，而这种感受真正现实化，即当以舟山陷落为标志，舟山陷落意味着“海外”从亡的终结，因而为之作“恸哭记”。
梨洲这些著作，与一般史著不同处在于，全都是“当代史”，并非从一般的学问、研究角度着眼和入手，而有极强的现实性和战斗性。首先，他有一种责任感，要以见证人姿态将自己亲历的现实、史实第一时间形诸文字；其次，又有紧迫感，似乎预感在历史沧桑之后，真相有可能被抹煞、篡改。这便是写《弘光实录钞》时所谈到的：“旧闻日落”，“后死之责，谁任之乎”，“为说者曰：‘实录，国史也。今子无所受命，冒然称之，不已僭乎？’臣曰：‘国史既亡，则野史即国史也……’”在国家沦亡现实下，幸存者自然地获得为国家保存历史真相的职责与授权，来防范、抵御他人任意涂抹。这种意识，早在舟山陷落之初，就从《海外恸哭记》写作动机中迅速浮现，确因梨洲历来极重史学，目之为国家和民族精神基石。
各书写作，形态有别。《海外恸哭记》出个人经历，类乎“口述实录体”；《行朝录》是时隔多年，凭记忆写成，这些记忆有“见”有“闻”，即有的是亲历，有的得之听闻；《弘光实录钞》相对“正式”，据梨洲自云完全依据官方材料编纂而成：“寒夜鼠啮架上，发烛照之，则弘光时邸报，臣畜之以为史料者也。”所以，梨洲敢以“实录”名之。“实录”是明朝即时治政记录，从太祖朱元璋到熹宗朱由校，都有完整“实录”，崇祯朝因乱残缺，弘光朝则根本没有；梨洲作此，意欲填其空白。
应该说，鼎革后，与梨洲有相同认识的人不在少数，故由明入清形成史书私撰高潮，是历来野史最为盛产的代际，数量无虑数百种。梨洲所著，一是对浙东抗清史实的保存贡献卓著；二是出于思想家特质及本人个性，批判性较别家鲜明、强烈；他从不掩其爱憎，对所述之事都有明确立场，故而史论结合，史之所至，论亦随之。
更要看到，梨洲的“当代史”建树，国史层面仅为一个部分，此外还有大量“个人史”写作，为许多当代人物立传，将历史笔触深入到鲜活的个体生命世界，他在这个方面的付出当时恐怕无人可比，不但可贵而且极具特色。